Aunque el Juicio a las Juntas se estudia principalmente desde la perspectiva jurídica, su sentencia del 9 de diciembre de 1985 desencadenó procesos administrativos y presupuestarios que continúan vigentes. Las políticas estatales posteriores incluyeron mecanismos de reparación económica, creación y mantenimiento de archivos, preservación de documentación militar y judicial, y ampliación de estructuras dedicadas a causas de lesa humanidad.
Programas como el Sistema Único de Registro de Víctimas del Terrorismo de Estado, las reparaciones económicas reguladas por leyes de los años 1990 y la digitalización documental requirieron partidas específicas, personal técnico, infraestructura y continuidad administrativa. La sentencia también impulsó la formalización de convenios entre organismos para ordenar y resguardar archivos militares y de seguridad, afectando la planificación presupuestaria de diversas áreas.
A nivel económico, el juicio generó un marco de referencia para la gestión de políticas de memoria y para la asignación sistemática de recursos públicos destinados a garantizar acceso a la información, conservación de pruebas y continuidad de investigaciones judiciales.